為暸解政府實施大三通後，對原有之小三通政策及其執行，將會產生什麼樣的衝擊與影響，以利監督政府之施政，本院內政及少數民族、財政及經濟、交通及採購委員會第4屆第5次聯席會議，依監察法第24、25條及施行細則第20條規定，邀請行政院秘書長薛香川暨行政院大陸委員會副主委劉德勳、內政部部長廖了以、財政部部長李述德、交通部部長毛治國、海岸巡防署署長王進旺、經濟部次長鄧振中、衛生署副署長宋晏仁、農委會副主委黃有才等，及金門縣長李炷烽、連江縣長陳雪生到院專案報告並接受委員質問。
會議由本院內政及少數民族、財政及經濟、交通及採購3委員會召集人林委員鉅鋃、劉委員玉山、洪委員德旋共同主持，共計有24位委員參加。首先聽取行政院秘書長及各部會首長、金門暨連江縣縣長有關兩岸小三通相關業務專案報告，其中行政院薛秘書長強調，金門將定位為文化觀光旅遊島，馬祖定位為生態觀光旅遊島；交通部毛部長表示，金門尚義機場擴建、水頭碼頭改善，將依進度執行，金門大橋興建仍將評估；經濟部鄧次長表示，金馬供水問題仍以海水淡化處理為主；內政部廖部長、海巡署王署長強調兩岸共同打擊犯罪，將列為江陳會談第3次議題；衞生署宋副署長、農委會黃副主委表示，將更重視進口物質之檢疫；財政部李部長表示將積極進行電腦化通關設施。接著由本院委員進行質問，會中委員發言踴躍，總計有10位委員，提出質問，共25項議題：包括：金馬發展定位及政策之執行機制、港埠暨通關設備不足、開放陸生來台、海上救難、交通設施改善、醫療設備不足、觀光沒落、供水不足、人民幣匯兌、機場擴建、檢疫、食品管制、走私等問題、金馬地區事務性協商授權事宜。除由行政院秘書長及各業務首長當場說明外，並經主持人裁示，請行政院針對本院委員質問所提議題，於兩週內將辦理情形，以書面詳實答覆本院。倘各該機關涉有執行不力或怠忽職守，再另案調查追蹤嚴辦，會議於12:20結束。