國防部對林毅夫案多年來採淡化消極處理態度，經他人告發後方對之發布通緝，惟其後仍未就類似案件建立配套措施，國防部對於「叛逃人員」之法律適用問題，迄今仍未定論，引發外界爭議，斲傷國軍威信並影響當事人權益，均有違失。由監察院葉委員耀鵬、趙委員昌平提案糾正。
糾正案文指出：林毅夫於民國68年5月16日叛逃案，國防部明知林毅夫非失蹤而為叛逃，卻始終採行淡化消極處理態度，直至91年方因他人告發始對之發布通緝。金門在68年仍屬外島戒嚴地區，兩岸處在敵我對峙，林毅夫時任駐馬山連長，敵前棄職叛逃，應適用特別法之戰時軍律處「死刑」之重罪，法定追訴時效為20年。惟其當時因未獲證投共而認定失蹤，並予辦理撫卹。依國防部軍法司於91年5月29日所提研處意見指出，林毅夫叛逃事件所涉戰時軍律及妨害軍機治罪條例等罪，均已罹於追訴時效，無法再對其追訴。然國防部高等軍事法院檢察署卻依90年間修正公布之陸海空軍刑法第24條第1項「投敵」罪嫌，於91年11月發布通緝，並未「適用最有利於行為人之法律」。且國防部相關單位法律適用問題，迭經開會研商，迄無定論，況一再變更見解，引發外界爭議，斲傷國軍威信並影響當事人權益至鉅，均有違失。基於人權之保障及時效制度之尊重，國防部允應針對「叛逃人員」究係既成犯抑或繼續犯，儘速於2個月內研議定案，俾資遵循，並釋眾疑。
糾正案文進一步表示：國防部後續處理態度退縮，對類似案件不積極尋求配套解決機制及法律見解立場搖擺，皆有違失。