針對臺南市安平遠洋漁港興建完成後，未達預期效益，相關設施閒置多年或低度利用，監察院尹委員祚芊於本(98)年7月9日提案糾正行政院農業委員會漁業署及臺南市政府。
糾正案文指出：行政院農業委員會自79年迄86年，委託臺南市政府分6期興建臺南市安平遠洋漁港，惟86年底竣工後，卻無遠洋漁船靠泊，肇致相關設施閒置。漁政主管機關未審視國際遠洋漁業之發展重心，已從遠洋漁業移至沿近海與養殖業，未辦理後續各工期工程之可行性及效益分析研究，肇致臺南市安平遠洋漁港興建完成後未達預期效益，耗資15億元之設施閒置，漁業署未盡漁政主管機關正確分析評估之責，核有怠失。
糾正案文復表示：該漁港之相關設施包括：碼頭、魚市場、廢水處理廠等，自完工後即閒置，如今碼頭僅規劃大陸漁工暫置區、小船訓練及季性之外籍船停靠等；魚市場雖於93年斥資6,500萬元重新規劃整建，惟漁會因租金高，恐不符成本，遲未進駐經營；廢水處理廠則因水產加工業者並未進駐，缺乏足夠規模之廢水來源，至今仍閒置。自94年起，臺南市政府即為安平漁港之管理機關，該府本應自財政部國有財產局辦理土地撥用事宜，雖該府表示財力困難無法辦理有償撥用，惟已撥用之264筆，仍延宕4年始辦理完成。臺南市政府延宕處理安平漁港土地撥用事宜，顯有不當。