大陸海峽兩岸交流協會陳雲林會長來臺期間執行「協和專案」，經監察院調查發現確有違失，監察院內政及少數民族、國防及情報委員會依據監察法第24條，於本(98)年5月20日通過並公布監委黃煌雄、林鉅鋃所提糾正行政院大陸委員會、內政部警政署及臺北市政府警察局案。
海協會會長陳雲林於97年11月3日至7日來臺進行「第二次江陳會談」，國家安全會議及行政院大陸委員會等經研議規劃，由國家安全局統籌協調相關安全維護工作，以利會談順利進行。國安局乃協請內政部警政署等有關機關為實際負責陳雲林訪臺相關行程的安全維護執行任務。
糾正案文指出，陸委會對於「第二次江陳會談」的整體宣傳、溝通工作不足，導致未能形塑正面社會輿論力量，不利整體任務進行，未能落實「第二次江陳會談整體方案規劃」的任務分工事項，核有怠失。
糾正案文表示，警方對於維安工作的執行態度、執行技巧及勤前教育不足，導致警民多起衝突，警方受傷人數計152人，民眾受傷人數計31人，民眾循司法途徑尋求救濟件數計14件，損及國家民主形象。警方應不得逾越所欲達成執勤目的之必要限度，且應採用對人民權益侵害最少的適當方式，警政署、臺北市政府警察局暨所屬相關單位核有違失。
糾正案文提及，臺北市政府警察局松山分局勤務規劃部署及現場調度執行晶華酒店安全維護勤務不當，導致代表團受困晶華酒店至凌晨2時10分許才陸續離開，嚴重傷害國家及警察形象，臺北市政府警察局督導不周，有嚴重違失。
糾正案文指出，臺北市政府警察局調用替代役2個分隊支援晶華酒店勤務過程失當，調用時未掌握現場群眾狀況，將2個分隊替代役派遣擔任第二線警戒任務，卻因防線遭突破，導致替代役男成為第一線，2名替代役男遭群眾攻擊受傷，不符相關作業規定，核有違失。
此外，調查意見嚴正指出，大陸政策是我國最具爭議性的公共政策之一，涉及臺灣內部最敏感神經，政府決策階層理應以陳雲林訪臺所引發的爭議為鑒，經由民主政治制度與決策程序，強化戰略思維與策略佈局，營造有利的環境與氛圍，俾為今後兩岸可能接續而來的各種協商，在對等與尊嚴的原則下，取得互利與雙贏。