因捷運新莊機廠選址於樂生療養院，該院面臨搬遷及文化資產保存等問題，臺北縣政府卻拖延審查樂生療養院院區保存案，造成諸多爭端與質疑，而行政院文化建設委員會也未積極處置，監察院教育及文化、財政及經濟、交通及採購委員會依據監察法第24條，於本(98)年6月11日通過並公布監委周陽山、馬以工、陳永祥所提糾正文建會及臺北縣政府案。
行政院衛生署樂生療養院為臺灣第一所公立漢生病防治與強制隔離的機構，是臺灣唯一以國家力量執行強制隔離措施的收容機構，也紀錄著一段污名化的負面歷史，反映病患基本人權遭受剝奪的事實。83年捷運新莊機廠選址於樂生療養院，決議有償撥用公有土地，將原院區分期撥用為新莊捷運機廠用地，並將院區遷往後方保留區重建。自此院民從捷運整地、開工、部分院舍拆除到院區搬遷，爭議不斷，也浮現出樂生療養院文化資產保存價值、院民人權處境與老化疾病等問題。在各級團體的努力下，從原先選定2棟建物拆遷異地重組保存、再增加保存未拆除部份約近40%的建物，演變至現存55棟建物中，40棟原地保留、9棟拆遷重建的保存方案。
糾正案文指出，臺北縣政府對於樂生療養院院區保存方案，遲未依法進行審查程序，導致其文化資產定位不明，爭議不斷，新莊捷運工期也因而延宕約37.5個月，工程經費增加約73億元，形成嚴重浪費。在文建會將樂生療養院逕列為暫定古蹟時，臺北縣政府仍未依法於限期內完成古蹟審查；文建會雖為中央文化主管機關，卻忽視文化資產保存法第101條所賦予的權責，對臺北縣政府拖延處理樂生療養院文化資產定位而造成諸多爭端與質疑一事，束手無策，均有違失。
糾正案文表示，臺北縣政府未依新修正的文化資產保存法接受相關團體與專家學者申請，將樂生療養院全區指定為古蹟，並依法定程序審查，推託敷衍。臺北縣政府身為文化資產保存的主管機關，卻欠缺積極主動的文化保存意識，對文化資產保存法的立法宗旨，也缺乏主動促成的動力，顯有怠失。