莫拉克颱風挾帶豪雨肆虐，橋斷路毀，災情慘重，南部許多縣市頓成水鄉澤國，部分山區出現土石流，台東縣知本溪水暴漲，淘空道路及堤防，5家商店及1座旅館應聲而倒，景象怵目驚心。長期以來治水成效顯然不彰，相關機關權責不明，救援機制失序，氣象預報落差，無法發揮預警功能，以上總總造成民眾生命財產鉅大損失。監察院於本(98)年8月11日第4屆第14次全院會議決議，由副院長陳進利會同交通及採購委員會、內政及少數民族委員會、財政及經濟委員會、國防及情報委員會等4個委員會召集人，針對莫拉克颱風災情所引發的相關問題，討論從哪些面向進行調查，未來可能由4至5組委員進行。
監察院長王建煊表示，去（97）年卡玫基颱風造成中南部地區嚴重水患災情，高鳳仙委員於本（98）年8月5日甫因行政院長期未以流域觀念統合水患治理事權，組織改造亦未有效整合；相關部會未配合1,160億元「易淹水地區水患治理計畫」同步進行權管河川排水疏濬整治等，通過糾正行政院等14個機關。本次莫拉克颱風災情，再次凸顯政府多年來治水成效未彰，各有關機關難辭其咎。本次監察院提出調查案，希望藉此讓監察權行使真正發揮功能，不容許行政機關藐視糾正權。
監察院全體委員對莫拉克颱風帶來的災情感同身受，允宜同聲關切，並發起捐獻1日所得。惟現階段以救災為先，籲請全力救援，並做立即有效處置，等救災工作告一段落後，始約詢相關行政官員，釐清行政疏失。監察院各該責任區巡察委員也將持續關注災情之後續處理，相關個案亦密切查察，本次災情有無人為疏失？各單位應負起何相關權責問題？各界善款是否得到妥適運用？監察院都將從整體綜合的角度進行查明追究，也歡迎各界學者專家提供專業意見，共同督促政府痛定思痛，監察院將責無旁貸負起監督角色。