據報載，部分中央民意代表及基層地方政府對於監察院在莫拉克颱風救災之際，仍發動調查權追究相關人員責任，恐將打擊救災士氣乙節，監察院重申，針對本次颱風災情所引發的相關問題，該院於本(98)年8月11日第4屆第14次全院會議，決議組成專案小組調查，同時決議現階段以救災為先，待救災告一段落，才會展開調查。此外，王院長建煊於公開場合亦曾兩度表示，對於投入救援救災活動之各界人士由衷感佩，希望在救災救援的同時，能注意自身安全及身體健康，也請大家應給予鼓勵，多為他們加油打氣。
監察院表示，對於莫拉克颱風帶來的災情與各界努力救災感同身受，並再次向深入災區之救災與協助重建人員表達感佩之意，但對於災情所引發的問題，於救災工作告一段落後，該院仍會本於監察職權，查明事實追究責任，以保障人民權益與安全。有關部分民意代表及地方政府之誤解，該院深表遺憾，並期盼各界共同督促政府救災及重建工作，監察院亦將責無旁貸負起監督角色。