監察院財政及經濟委員會98年10月5日（星期一）上午9時30分，由該會召集人楊委員美鈴、馬委員以工、沈委員美真、陳委員永祥、馬委員秀如、劉委員玉山、杜委員善良、李委員復甸、李委員炳南、程委員仁宏、錢林委員慧君、劉委員興善及洪委員德旋等共13位委員，巡察行政院農業委員會（以下簡稱農委會）聽取陳主任委員武雄簡報並就相關問題詢問。
巡察委員在聽取簡報後，共提出攸關國民生計的問題計52項，其中特別關心88水災農委會執行救災工作之績效，包括山地復育、農村再生以及我國山坡地水土保持等問題，希望農委會提出適當對策與執行方法；並指出：本次水災漂流木之清除績效不彰，甚至影響農漁民的生活及工作，要求農委會儘速建立緊急處理漂流木之作業程序及研議如何再利用；另對於農業金庫管理不善，造成國庫重大損失，農委會雖非金融的主管機關，卻是官股的最大股東，認應加強農業金融之管理與輔導；有關阿里山森林遊樂區之委外經營，農委會應先對BOT本身之管理輔導能力詳加檢討；又我國山險坡陡，水土保持工作十分重要，對山坡地之保育要有永續經營之觀念，像八卦山南脈有15條野溪，本次颱風上游崩塌導致河川堆積很多土石及漂流木，應予及早清除；另由於台灣可耕地面積狹小，農民工作時間長，工作辛苦，收入少，導致農村人口外流，農委會應加強研究如何提高農民收益，以促進我國農業之發展；布袋遊艇碼頭於開港之時僅有3艘遊艇參加開幕，農委會設立遊艇碼頭之計畫及成效均應予檢討；目前農產品已進入國際化時代，生產與行銷並重，而產地證明就是行銷的保障，農委會如何發放產地證明，品質分級等細部作業應及早因應，妥為規劃；此次88水災許多農民一輩子累積的財富，一夕間化為烏有，實在令人心痛，農委會應研究農民保險制度，以協助農民度過難關。此外，對於養殖漁業造成地層下陷問題的防制，及對非法魚塭給與災害補助的合理性，委員們均甚表關切，並期盼農委會能迅速研謀妥善因應方案與措施。