依98年2月19日本院第4屆第7次國防及情報委員會決議，由黃委員煌雄、趙委員昌平、余委員騰芳及李委員炳南組成之專案調查研究小組，就國防二法（即國防法暨修正國防部組織法）自91年3月1日施行迄今7年餘來，在執行過程中是否存有窒礙、成效如何、施行結果與該二法制定之理念與目標是否仍有落差、二法之現行規範是否有值得檢討改善之空間等所進行之專案調查研究案，經10個月餘之研究調查，過程中曾辦理5場次之諮詢會議及8回合之訪談，諮詢與訪談對象含括國防二法研擬起草之工作團隊、對於國防事務有研究專精之專家學者、經歷國防二法草擬立法、施行準備與實際執行等不同階段之卸、現任國防部長、參謀總長與各軍現役、退役高階將領等；並分13梯次、以19天的時程實地勘查國軍聯合作戰指揮中心（原衡山指揮所）、各戰略執行單位、各軍種綜合協調中心等國軍聯合作戰指揮機制及軍備局、中科院、軍情局等之運作情形；其後再與國防部長高華柱暨該部相關主管官員進行座談。
本專案調查研究所提出之報告，計有28項結論與建議，除函送行政院及國防部研究參考見復外，並送請總統府及國安會參酌。各該結論與建議綱要如次：
一、國防二法開啟我國軍政軍令一元化及文人領軍之歷史新頁，對我國國防法制化、現代化及長遠發展貢獻甚大，整個工作團隊包括主其事者及核心成員，理應給予適合渠等身分之褒揚。
二、國防部長由軍職退役轉任者，應於相關法令中明文規範退役後一定年限之限制，以符文人領軍的精神。
三、為落實國防二法文人部長的立法精神，國防部對於國防部長職務代理順位的函令解釋，應予法制化。
四、鑒於這些年來，軍中所衍生的不正之風及相繼爆發的弊端，為維護軍事領域之純淨空間，國防部領導階層理應展現魄力與決心，嚴防政治力介入軍中事務。
五、制定軍事戰略所賴的國家安全戰略，迄無明確之官方文件可供依循，國安會亟宜正視此等問題，積極依法辦理。
六、國防部部分法定高司組織在未經修法程序下數度調整，使組織趨於不安，未來應以此為鑑，有關組織改造，務循法制作業為妥適之處理。
七、做為文人國防部長左右手的戰規司及整評室主官任期應力求穩定，在人才獲得、經費預算及督導層級等方面，允宜充實或調整。
八、國防文官是協助文人領軍的重要一環，但國防二法施行以後，文官體系迄未完整建立，其在進用、人數、功能及教育培養上，均有加強及完善之空間。
九、國防二法的精髓之一，便是確立三軍聯合作戰指揮機構，但現行聯戰指揮體系仍未達「平戰合一」之要求，尚待強化精進。
十、依國防二法所建立的三軍聯合作戰指揮機制，有關各軍總部脫離指揮鏈的解讀應該謹慎，不應讓各軍總部有不必要的誤解。
十一、國防二法施行以來，國軍軍事建案在軍種提案與聯參審查過程上，能否摒棄軍種本位，確實符合防衛作戰所需的聯戰要求，允宜客觀檢討。
十二、隨著國防預算占GDP3％，以及國防二法的實施，相對偏低的國軍軍事教育經費亟待增加，有關聯合作戰訓練經費尤待強化。
十三、為三軍聯合作戰不可或缺的聯戰準則之訂定或修編迄未完成，國防部允應加快腳步，積極謀求改善。
十四、「博勝案」後續的精進作為，攸關國軍指管通勤系統及三軍聯合作戰之完備，國防部允宜妥編預算，儘速建置完成。
十五、國防部軍備局所屬中科院行政法人化有其必要，自應儘速促成，然法人化後如何與國軍建軍需求不致脫節，應予嚴格檢視。
十六、中科院行政法人化、通用後勤逐步委外或外購、專用後勤回歸各軍總部後，現行軍備體系之架構及其功能如何強化，均值得檢討。
十七、國防部規劃成立智庫應予支持，對於相關重大國防議題，亦可考量請益卸任部長、總長及高階將領等，以示對傳承之尊重。
十八、這些年來，國防部不斷為廢彈處理所困擾，隨著組織結構及兵力員額的調整，國防部應就彈藥之購置精準評估，據以訂定最適採購計量模式，俾減省經費，並有利於資源分配規劃。
十九、國防部配合政府重大政策及地方發展之需求，將閒置土地釋出之作法應予肯定，爾後當秉持此方向繼續妥適精進。
二十、為因應募兵制後人事維持費的排擠，相關武器裝備之維修應做前瞻有效的全面檢討評估，俾維持良好之妥善率，保障國軍官兵生命的安全。
二十一、國防部允宜就國軍未來應有之兵力規模，運用適當模式詳加推定，以尋求客觀有力的確切數據，避免先射箭後畫靶，俾符合現實戰備之需求。
二十二、從十年兵力規劃、精實案到精進案兩階段之執行，目前基層作戰部隊官兵的裁減空間已屬有限，爾後對於國軍組織的調整及員額之精簡，國防部理應從高司及非戰鬥部隊著手，方為允當。
二十三、國防部一度推動的准將官制允宜恢復規劃推動，並朝早於中共推出之原則積極辦理。
二十四、國防部為兼顧戰訓與支援救災所研擬之具體措施，值得參採，行政院允應重視，並督促相關法令修法之完成。
二十五、目前國安局預算寄列於國防部之作法，與相關法律規範未合，行政院應妥為檢討修正。
二十六、國防部原送立法院審議的國防法第8條條文，其中有關「責成」與「命令」之規範較為理想，允宜俟機修正恢復。
二十七、政府應開創國際視野，賦予國軍在國際維和、救災及海上救援等方面之揮灑空間；國防部對此並應做好執行準備。
二十八、為展示政府致力於處理戰爭遺緒及備戰而不求戰的和平決心，國防部除應賡續對外島地區之排雷工作外，並可擴大國際交流，邀請國際知名掃雷人士及媒體參予見證，俾提升國際形象。