98年底三合一選舉已開立政治獻金專戶之擬參選人總計為1,080人，截至99年2月4日依法完成政治獻金會計報告書（下稱會計報告書）申報者計377人，申報比率為34.9％。
依政治獻金法規定，擬參選人應於選舉投票日後3個月內，向本院申報會計報告書，收受金額達新臺幣1,000萬元以上者，並應於投票日後70日內委託會計師查核簽證。未依法設置收支帳簿或製作會計報告書、不為申報、不依法定方式申報或故意為不實之申報者，將處新臺幣20萬元以上100萬元以下罰鍰，並得按次連續處罰。
本法自93年4月施行以來，政黨、政治團體及擬參選人，因逾期申報會計報告書，經本院依法裁罰者，共計37件。上開應申報人，務必儘速於99年3月5日前依法完成申報，以免逾期受罰。
為便利會計報告書申報，本院業依不同之選舉種類，於網路上提供申報軟體。應申報人於下載申報軟體後，將相關收支資料逐筆登錄，系統會依據交易狀況彙整，提供製作支出傳票、黏貼憑證，及列印會計報告書之功能；同時還提供賸餘政治獻金申報之功能，請應申報人善加利用。
申報時，應檢附資料包括，
1、會計報告書：含收支結算表及各項收入、支出明細表。
2、存款對帳單：金融機構（含郵局）出具自（含）政治獻金專戶開戶日起至會計報告書所載收支結算日止之交易往來明細表。
3、受贈收據：向各地選舉委員會領取之全部金錢及非金錢受贈收據，含已開立之政治獻金收據第1聯（應連同收據封面）、有作廢之受贈收據1式3聯、及未使用或開立後賸餘之空白政治獻金受贈收據。
4、委託會計師查核簽證者，檢附會計師查核簽證報告書及會計師公會會員印鑑證明書。
另本次選舉可列報支出期間為專戶許可日至99年1月4日止，相關支出憑證或證明文件暫免檢附，惟仍應確實依序編列並按月裝訂成冊。依政治獻金法規定，本院得隨時要求申報人檢送收支憑證或證明文件查核之；政治獻金收支憑證、證明文件，申報人應於申報後保管5年。
政治獻金相關資訊，請參見本院網站：http://www.cy.gov.tw/，或陽光法案主題網站：http://sunshine.cy.gov.tw/；如尚有其他疑義，請電話洽詢各選舉區承辦同仁。（02-2341-3183轉145、154、155、156、157、158、159、161、162、164、183、184、185、186）