國防部空軍司令部執行高空氣象觀測任務，未能妥適控管器材備品存量，造成莫拉克颱風期間，空軍探空觀測站無探空發射機可用，且長達3至4個月未能執行高空探測任務；聯勤司令部辦理高空探測軍品採購，也未能及早發現異常，國防部督導不週。監察院國防及情報委員會99年7月22日通過監委黃武次、趙昌平提案，糾正國防部。
糾正案指出本案缺失如下：
一、國防部空軍司令部執行高空氣象觀測任務，未能妥適控管器材備品存量，致生無探空器可用之空窗期；又因撥發備品數量不足，空軍氣象聯隊竟達3至4個月未能執行高空氣象觀測任務，有違法定任務職掌，國防部督導不週，明顯有疏失。
二、國防部聯勤司令部辦理高空探測軍品採購，於採購軍備接收流程，對尺寸重量有重大差異之撥發數量，未能儘早發現異常，其採購、接收及驗收流程實有待檢討；且對數量或品質不符之購案，僅能採價賠求償處理，無法儘快補送差額應急，不符我方軍購之戰備整備需求，國防部督導不週，應督飭聯勤司令部積極與美方協調、檢討。