立法委員邱毅接受媒體訪問，指監察院有不成文內規，「很少」動法官，所以彈劾法官的人數「屈指可數」。監察院7月23日發表聲明指出，監察院依法獨立行使職權， 絕無所謂有「內規」，讓違法失職的法官可以置身事外。據統計，自第2屆至目前第4屆為止，共彈劾54名法官，邱毅發言與事實有出入。
監察院發表三點聲明澄清指出：
一、依憲法第97條、第99條規定，監察院對於司法院人員，認為有失職或違法情事，得提出彈劾案，如涉及刑事，應移送法院辦理。本院向依該等規定辦理，對違法失職法官彈劾提案。
二、監察法施行細則第27條第2項規定：「偵查或審判中案件承辦人員，與該承辦案件有關事項，在承辦期間，應盡量避免實施調查。但如認為承辦人員有貪污瀆職或侵犯人權情節重大，需要即加調查者，仍得斟酌情形，實施調查」。顯見對貪污瀆職或侵犯人權的偵查或審判中承辦人員，監察院仍可行使調查權。
三、監察院依法行政、獨立行使調查職權。自第2屆(88年2月)至目前第4屆(任期97年8月～103年1月)，迄今(99年7月23日)已彈劾54名法官，經移送公務員懲戒委員會，其中6人撤職、9人休職、3人降級、1人減俸、19人記過、8人申誡(見附表)。監察院依法彈劾違法失職法官，並非「屈指可數」。