莫拉克颱風侵襲引發的「88水災」，即將屆滿1年，監察院99年8月6日指出，該院一年來針對「88水災」造成的民眾生命財產損失，共組成15個專案調查小組，對政府防災救災體系缺失，進行調查，共成立33個調查案，總計彈劾1人、提出11個糾正案。
監察院監察調查處指出，33個調查案中，遭彈劾的是前高雄縣甲仙鄉長劉建芳；11個糾正案，遭檢討究責的機關，涵蓋行政院暨所屬相關部會，高雄、屏東縣政府與相關鄉鎮市公所，監察院已要求議處失職人員與檢討改善救災防災體系，範圍之廣僅次於「921大地震」。
監察院指出，在監察權有效行使下，行政部門具體改善的作為有：一、行政院建立資訊單一窗口，設立專屬網頁；徵用電視及廣播頻道，即時傳遞最新消息。二、整併中央災害防救會報及行政院災害防救委員會之組織功能，並將內政部消防署轉型為內政部災害防救署。三、國軍各單位針對易發生土石流及淹水地區，已規劃颱風登陸前24小時，在部隊調動運用較具彈性之營區，完成預置兵力與機具，爭取救災時效。四、內政部強化災區疏散撤離作業，與各地方首長統合指揮人力調度及資源整合，提升災害防救能力。
調查處指出，目前還有「台灣國土規劃利用有無怠忽職守」、「莫拉克颱風主管單位對愛心捐款有無建立監督管理與運用機制」、「高雄縣甲仙鄉小林村埋村發生原因」、「高雄縣那瑪鄉民族村、桃源鄉勤和村死傷，是否與曾文水庫越域引水有關」等四個調查案，仍在調查中。