法務部處理王長勇配偶申請兩岸罪犯接返案，未考量危急性，以最速件處理，影響民眾權益，監察院司法及獄政、內政及少數民族委員會99年8月11日，通過監委黃武次、楊美鈴提案糾正法務部。
糾正案文指出，本案違失包括：
一、法務部未詳查本案事件經過並審慎檢討缺失，公開發布新聞稿掩蓋事實真相，欺瞞社會大眾，確有違失。
二、王長勇因中風併發急性腦部感染及腦硬死等症狀，病情非常嚴重，法務部未凜於本案危急性，應以最速件處理，草率輕忽，耽誤公文時效，也有違失。
93年王長勇因犯間諜罪，遭中國大陸福建省寧德市中級人民法院判處有期徒刑12年，98年12月在監獄中風，狀況緊急，配偶檢附相關證件向法務部申請接返台灣，法務部未能認知王長勇病情危急，因而貽誤處理時效，王長勇99年1月病逝後，法務部仍要家屬補件。