教育部為照顧全國263萬國民中、小學生福祉，99年度增編特別預算29億元，辦理「加強補助國民教育經費」，自99年9-12月，提供國民中小學免費午餐，監委錢林慧君調查，認為預算補助項目範圍廣泛，中央政府涉有浮編預算、地方政府不當挪用之虞，與特別預算編列意旨不合，監察院教育及文化委員會99年8月12日，通過監委錢林慧君提案糾正教育部。
糾正案文指出，本案違失包括：
一、教育部推動免費營養午餐政策，決策過程未經周詳的效益評估，缺乏周延性，政策也無延續性，在全國各縣市政府教育局多數反對下，教育部仍實施，造成地方政府極大困擾，顯有疏失。
二、教育部未考量貧困學生可能被標籤化等執行過程溝通問題，即據以作為辦理免費營養午餐的實施目的，顯不符比例原則及成本效益，也有不當。
三、教育部辦理免費營養午餐政策，補助項目範圍廣泛，與特別預算編列意旨不合，也無法落實對國中、小學生的照顧，顯有未當。