教育部自95年度起，委託財團法人高等教育評鑑中心基金會辦理大學院校系所評鑑，因諸多疏失，形成大學校院極大困擾與負擔，監察院教育及文化委員會99年8月12日，通過監委葛永光、馬秀如、馬以工、趙榮耀、周陽山提案糾正教育部。
糾正案文指出，本案違失包括：
一、高等教育系所評鑑以5年為循環週期，時程緊迫，影響系所教學、研究的正常推展，各校為忙於評鑑，動員人力疲於奔命，且花費200萬元至1800萬元不等經費支出，教育部規劃有欠周延。
二、高等教育系所評鑑雖規定各大學校院需先進行自我評鑑，但自我評鑑各校寬鬆不一，教育部並未協助各校發展完備的自我評鑑模式來與高教評鑑中心後續訪視評鑑密切結合，發揮相乘效果，實有未當。
三、高等教育系所評鑑實地訪視的學門召集人、規劃委員、訪評召集人、委員等的遴聘，欠缺客觀的認證機制，訪評委員事前講習及實地訪視準備會議，也未落實深入，教育部督導不周。
四、教育部對高等教育系所評鑑項目、指標及內涵，未依各大學的條件、特性做適當區分，一體適用，顯不公平。
五、高教評鑑中心對特色系所，如稀有語文及區域研究系所、設計、藝術系所等，未按系所特性做不同的評鑑規劃，導致許多系所被迫裁撤或合併，喪失學校辦學特色，也嚴重影響國內高等教育人才培育工作，教育部未事前防範，實有未當。
六、高教評鑑中心對於系所評鑑結果的決定過程，作業程序及資訊不透明，遭諸多質疑，教育部監督不周。
七、教育部運用高等教育系所評鑑結果，將招生名額、獎、補助及學雜費調整政策相結合，形成實質的獎懲機制，影響各校招生與校務發展，有違高等教育評鑑認可制設置初衷，且不符國際高等教育評鑑趨勢。