行政院國家科學委員會辦理國家同步輻射研究中心、國家實驗研究院等單位評鑑，評鑑過程有缺失，監察院教育及文化委員會99年10月14日，通過監委趙榮耀、周陽山、馬以工、錢林慧君、葛永光提案糾正國科會。
糾正案文指出，本案違失包括：
一、國科會自98年4月起將國研院及所屬11個研究機構，按性質分為5領域進行評鑑，審查委員於自評、複評階段重複聘任，或於複評階段由該院本身董、監事，或由國科會主委、副主委擔任，有欠妥適。
二、國研院98年評鑑結果多為1年內完成檢討，再由國科會重新評鑑，並未正視各中心面臨定位不明、績效不佳等問題，又未落實評鑑結果與退場機制的結合，評鑑徒具形式，也非妥適。
三、99年度國研院7個單位存在必要性再評鑑作業的初審及複審會議，審查委員聘任或為該院本身的董、監事，或於初審、複審階段重複，或複審會議由國科會主委、副主委主持、審查，確有不當。
四、國科會未對國研院及同步輻射中心的董事會、常務董事會召開情形，及董、監事出席董、監事會議情形加以監督考核，並做為續聘與否的參考建議，相關規範也付諸闕如，確有怠失。