供應台南、高雄地區用水的曾文、南化水庫，水利主管單位長期疏於清淤，且未定期辦理相關水庫檢查及安全評估，嚴重影響水庫壽命及南部供水，監察院財政及經濟委員會99年11月3日通過並公布監委趙昌平、李炳南、劉玉山及楊美鈴提案，糾正經濟部。
糾正案文指出本案兩大違失：
一、經濟部水利署與自來水公司歷年來疏於辦理曾文水庫與南化水庫之浚渫工作，實際清淤率皆低於1％，有違其組織法規規定之職掌工作。其中南化水庫自83年4月至97年8月莫拉克颱風侵襲共15年，未實際辦理清淤工作。
二、經濟部水利署、自來水公司及嘉南水利會，皆未依法每隔五年定期辦理曾文、南化及烏山頭水庫之檢查及安全評估工作，顯有違失。