針對外界質疑監察院職員工獨領「協查研究費」的爭議，監察院99年11月4日發表聲明指出，這項費用肇因於民國82年體制轉型變遷使然，當年經行政院與監察院協調，監察院自民國82年7月1日起比照立法院職員繼續支領「會期津貼」，監察院以「協查研究費」名義逐年編列預算，經立法院每年審查通過後支領。
據了解，目前立法院職員每年於八個月的法定會期中，每月支領「會期津貼」13828元，換算成12個月，平均每月領取9225元津貼；技工、工友於八個月的法定會期，每月支領「會期津貼」6919元，換算成12個月，每月可支領4612元津貼。
監察院指出，修憲前監察院與立法院、國民大會同視為民意機關，修憲後廢除國大，監察院成為非民意機關，然而監察院職權並未有任何改變，相對的隨著民意的需求，對監察院的期待益形增加下(例如新增陽光四法的申報查察、人權保障)，在員工業務量明顯有增無減下，行政院與監察院於民國82年進行兩院協調，因而有行政院當年7月13日「台人政肆字第25554號函」，同意比照立法院職員工繼續支領津貼。
監察院指出，該院職員工17年來領取的「協查研究費」，名稱或許不恰當，但已成為職員工待遇津貼的一部分，宛若其他公務人員領取的專業津貼一樣，這項費用前經兩院協調，立法院審查通過，應係合法領取。