經濟部水利署辦理水源保育與回饋費運用管理，計畫未盡周全，執行成效不佳；相關縣市政府暨鄉鎮市公所未專款專用、納入預算，挪為其他用途，監察院財政及經濟委員會99年12月8日通過監委余騰芳、程仁宏提案，糾正經濟部水利署、台北縣政府等15個縣市政府暨相關鄉鎮市公所。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、經濟部水利署訂定水源保育與回饋計畫之提送、執行成果報告提報時程及考核機制等相關規定，未盡周全，或難以落實，或有闕漏，致實際執行成效欠佳，不利管考，確有怠失，亟待檢討修訂改進。
二、部分水質水量保護區內之縣市政府及鄉(鎮、市、區)公所，未依規定時程提報計畫，或執行水源保育與回饋費未依規定設置專戶（帳）控管專款專用、納入預算，或支用範圍非位於水質水量保護區，或支出錯誤，未據實提執行成果等，確有違失。
三、經濟部水利署及相關縣、市政府、鄉(鎮、市、區)公所因循敷衍、執行不力，致水源保育與回饋管理運用之查核機制形同具文，既未能積極落實，亦未持續追蹤管考。