行政院及國立故宮博物院籌建故宮南院，決策草率，浪費公帑，監察院教育及文化、交通及採購委員會99年12月16日通過監委周陽山、馬以工、馬秀如提案，糾正行政院及故宮。
糾正案文指出，本案違失包括：
一、行政院組織改造的歷次規劃架構，對故宮組織定位不明確，近10年來，因政治因素介入，故宮院長不斷更換，無法貫徹執行故宮南院的籌建，機關組織效能無法有效統合發揮，導致故宮競爭力難以提升，確有不當。
二、故宮應妥善規劃全盤清點文物，強化文物安全維護管理系統，落實公文管考機制，提升檔卷管理成效，以改善機關內部管控效能，應檢討改進。
三、行政院及故宮對南院籌建計畫，決策過程草率，違反政府公共工程計畫與經費審議作業要點等規定，釀成國際廠商履約爭議，浪費公帑，開館時程展延至104年底，造成當地居民對政府失去信任，確有疏失。