教育部在未獲行政院核定同意前，先行撥款2,400萬元，指示國家圖書館於國立科學工藝博物館南館成立「國家圖書館南部館籌備服務處」，監察院教育及文化委員會99年12月16日通過監委黃武次提案，糾正教育部、國家圖書館。
糾正案文指出，本案違失包括：
一、教育部補助國圖南部館籌備處計畫，未經行政院核定前，自行同意先補助國家圖書館2千萬元，國立科學工藝博物館400萬元，指示科工館南館成立國家圖書館南部館籌備服務處，辦理掛牌及營運事宜，雖經3個月即暫緩執行，但已虛耗2千餘萬元，確有違失。
二、教育部逕行核定國圖南部館籌備處的支出，但國圖未全數運用於籌備處，或逕予流用近200萬，作為充實及更新總館設備，有違教育部補助目的及用途，或支付67萬餘元共同分攤資料庫購置費用，經費未達預期效益，教育部監督不周。
三、國家圖書館執行南部館籌備處計畫，所購置電腦主機、圖書及多媒體資料等財產及物品，閒置者達319萬餘元，教育部監督不周。
四、國家圖書館網頁在監察院調查時，仍有南部館簡介、館藏特色等資訊，但籌備處已暫緩執行2年餘，尚未刪除網頁，國圖網站管理維護鬆散，缺乏行政效率，亦誤導民眾，顯有違失。