交通部對於兩岸直航後，部分航線班機不足、票價過高等問題，未能即時妥謀適當因應對策，引發民怨及航空業者聯合壟斷票價之疑慮，影響政府威信。監察院100年1月12日通過並公布監委葉耀鵬、李復甸提案，糾正交通部。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、交通部對於兩岸直航部分航線班機不足、票價過高等問題，未能即時與行政院大陸委員會或相關部會協商，妥謀因應對策，引發民怨，又讓社會大眾對航空業者是否聯合壟斷票價產生疑慮，核有疏失。
二、交通部及所屬民航局對於有關兩岸直航政策執行及技術面管理不當，法制作業不周延，顯有疏失。
三、交通部對於國際航權之分配，以不超過二家業者經營為原則，該限制未予業者公平發展競爭之機會，有違平等原則及審查處理方式不合法，核有違失。