行政院環境保護署執行「環保科技園區推動計畫」，自91年迄今9.5年，已支出43億元經費，目標達成率僅六成，園區內仍有部分土地及建物閒置，整體效能偏低，監察院100年5月17日通過監委葉耀鵬提案，糾正行政院環境保護署。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 環保署設置桃園縣、花蓮縣、臺南市、高雄市4環保科技園區，100年即將期程屆滿，補助經費支出達43億元，實際進駐之量產廠商家數、土地及建物租售率偏低，仍有部分土地及建物閒置中，造成雙重浪費，整體效能偏低。
二、 環保署未分年、分園區訂定計畫目標值，致無法逐年檢討績效，本計畫即將屆滿，整體績效不彰，環保署應負監督不周之責；環保署未規劃追蹤督導考核機制，協助地方政府建立營運管理制度，核有違失。
三、 環保署數年來均未核實填報計畫目標值及達成率，相關數據有高估誇大、美化績效之嫌。
四、 環保署補助花蓮園區達9億元，迄今仍無營運量產廠商進駐，致所產生之污水量尚不足使污水廠運轉；鳳林遊客資訊中心迄未啟用，「環境教育展示館」閒置中，大部分可供招商使用之土地及建物閒置，整體執行成效極低。
五、 高雄園區阿公店溪及滯洪池河岸生態工程完成後，自96年間移交岡山本洲工業區服務中心維護管理，即遺失或被毀損20項設施計104萬餘元，迄未修復缺損或購置改善，後續維護管理不善。
六、 環保署對部分循環型永續生態城鄉建設之核定不夠嚴謹，不但補助原則過寬，核定辦理項目也流於寬濫，幾乎無所不包，部分甚至涉及非該署主管業務之觀光、休閒、文化古物、古蹟建設補助計畫等，顯有疏失。