行政院農業委員會林務局輕忽阿里山森林鐵路沿線環境特殊，常有林木傾倒或土石滑落紀錄，未依鐵路法相關法令排除妨礙鐵路行車安全之危險林木，更未訂定鐵路周遭林木檢查、監測及伐剪機制，造成阿里山小火車於100年4月27日發生斷木砸中車廂翻覆、 5死113傷慘劇，監察院財經及交通委員會聯席會100年7月19日通過監察委員程仁宏、楊美鈴、黃武次、陳永祥提案，糾正行政院農業委員會林務局。
調查報告指出本案亦應檢討改進的三項缺失：
一、 林務局對阿里山森林鐵路之朝巡作業時間短促，且目測注意涵蓋範圍未明確規範，人員教育訓練也應檢討改進。
二、 阿里山森林鐵路路況陡峻及環境複雜，林務局應依相關作業規定及交通部之建議，積極強化危險路段之列車跌落防護預防措施，以減少事故時人員或設施之損傷。
三、 交通部未注意阿里山森林鐵路沿線林木可能造成之危害，即同意神木及祝山支線通車，對於阿里山森林鐵路之臨時監查，顯未周延。
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