交通部臺灣鐵路管理局組織定位不明，自90年度起至99年度止，10年累積虧損高達1,085.46億元，每年平均虧損百億元以上，經營效益不佳，財務狀況顯著惡化，監察院交通及採購委員會100年8月9日通過並公布監委劉玉山、程仁宏、林鉅鋃、馬秀如、楊美鈴提案，糾正行政院、交通部。
糾正案文指出本案缺失：
一、 臺鐵局依法應以企業方式經營，力求有盈無虧，但由於票價訂定受政府管制，鐵路規劃、營運及管理均需配合政府，組織定位不明，潛藏矛盾，且公司化政策及再生計畫迄未定案，實有不當。
二、 臺鐵局自94年起每年均虧損百億以上，經營效益不佳，負債持續上升，財務顯著惡化，行政院及交通部迄未訂定有效方案協助改善，顯不適當。