交通部民用航空局擴建花蓮機場，未考量鐵路東改計畫及北宜高通車後，形成新的競爭消長趨勢，造成機場營運效能不彰，花蓮、臺東航空站組織，採高運量編制，嚴重徒增成本開支，監察院交通及採購委員會100年8月9日通過並公布監委程仁宏、楊美鈴提案，糾正交通部。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、花蓮機場擴建工程總工程經費為26.25億元，因未能考量航空旅次人數衰退，及東部鐵路改善與北宜高速公路完工，運具間競爭消長之影響，預估旅運人次過於樂觀，場站設施使用率由93年27.71%，衰退至99年的7.22%，使用效能不彰，浪費公帑。
二、花蓮、臺東航空站未能依實際營運情形調整組織編制，為低運量，卻採高運量航空站之組織編制，徒增人事任用及成本支出，明顯有違失。
調查報告並指出，花蓮航空站95至99年每年虧損2億元以上；臺東航空站91至99年間，每年虧損1億元以上。交通部對於二航空站之功能與定位應妥適研議，審慎考量其服務效能，進行適當的營運調整。
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