財團法人農村發展基金會資金逾99%來自政府捐助，行政院農業委員會卻漠視相關規定，誤認為該基金會接受政府捐助比率未超過50%，未積極處理退休轉任人員支薪爭議，又未詳實答復審計機關，監察院財政及經濟委員會100年11月2日通過並公布監委黃武次提案，糾正農委會。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 農村發展基金會由政府捐助基金累計總額逾99%，農委會卻漠視行政院函示之認定基準，誤認為該基金會政府捐助比率未達50%，基金會以政府捐助比率僅0.25%、屬性未定為由，遲未修訂員工薪俸表，實有違失。
二、 農委會未積極處理退休轉任農村發展基金會員工人員支領爭議，對於審計機關要求查明基金會有無退休公務員轉任支領雙薪者，未詳實答復，該會作為怠忽消極。
三、 農委會代表董事未依規定出席董監事會議及陳核會議重大事項，國際處處長張淑賢擔任農委會代表董事，實際僅參加4次會議，卻領取8次出席費，且99年度出席率僅33.33%，農委會疏於考核代表董事是否盡責，又未確實掌握代表董事溢領出席費情事，洵有違失。
四、 農委會未建立完備之績效評鑑機制，考核作業粗糙草率，無法落實績效考核及達成派兼目的。另國際處長為代表董事之一，該處卻負責陳報代表董事是否續任，有球員兼裁判之嫌。