交通部督導所屬民用航空局執行馬公機場新建工程，未能考量航空旅次人數衰退，預估服務客運數及貨運量過度樂觀，致機場客運及貨運使用效率僅達四成及三成，專用場站設施使用效能低落，監察院交通及採購委員會100年11月8日通過並公布監委程仁宏、楊美鈴提案，糾正交通部。
糾正案文指出本案，
一、 民航局辦理馬公機場民航站新建工程，總工程經費為26.66億元，預估每年服務旅客量為440萬人次，貨運容量約為每年23,570公噸。
二、 馬公機場93年完工啟用，99年旅運人次已衰退至183萬餘人次、貨運7,075公噸，客、貨運場站設施使用率僅為41.78%及30.02%。另馬公機場經行政院核定為國際包機起降機場，但國際及兩岸包機實際每月不足１班國際包機飛航使用，相關設施及空間閒置。馬公航空站新建工程未能考量航空旅次及貨運量衰退之趨勢，預估客運旅次及貨運量過度樂觀。
三、 89年政府推動之「觀光客倍增計畫」未能有效落實，規劃澎湖五星級國際觀光旅館等計畫也未執行，另澎湖原擬設博弈區，亦遭民眾公投反對，使旅客量無法達到原訂目標。馬公機場新建工程對於服務數量、新建規模考量未盡妥適。