民國101年1月底，金門驚傳豬隻感染口蹄疫，凸顯行政院農業委員會15年來挹注龐大經費及心力，仍無法達成撲滅口蹄疫既定目標，且動植物防疫檢疫局預算支出名不副實，監察院財政及經濟委員會101年7月4日通過監察委員林鉅鋃提案，糾正農委會。
糾正案文指出本案缺失包括：
一、 農委會未確實督促防疫檢疫局釐訂「口蹄疫防疫與撲滅計畫」完整規劃及後續執行細節，竟擅自以「落實口蹄疫補強注射執行措施」，取代「口蹄疫防疫與撲滅計畫」，造成15年來挹注於撲滅疫病工作之龐大經費前功盡棄，撲滅口蹄疫終極目標之達成遙遙無期。
二、 防檢局假借編列「豬瘟及口蹄疫防疫與撲滅計畫」預算科目，卻使用在執行目標完全相反之「口蹄疫防疫階段策略之強化工作計畫」，績效指標竟以「期間注射率」來衡量，實有不當。
三、 防檢局執行金門縣爆發豬隻口蹄疫事件相關防疫作業，未能切實踐行所訂頒「口蹄疫通報流程」標準作業程序，顯有疏失。