清大與竹教大合併案風波不斷，清大教授針對該校史無前例的重大議案，向監委陳情指出：「與竹教大合併」之合校計畫書內容，尚未經過校務會議代表充分討論，違法以斷章取義方式，引用錯誤條文，誤導與會人士及會議後續進行，且投票、發票過程混亂，無法確保是否一人只投一票，甚至最後清點人數與所投出之票數根本不合。
截至目前為止，兩校合併引發之問題及爭議不斷，惟教育部卻已公開表示：清大與竹教大合併是「由下而上」、「你情我願」自行提出，教育部採「尊重、支持」，不會阻擋。然而陳情教授們認為，兩校合併程序之合法性尚未釐清之前，教育部發表此等言論實有誤導輿論之嫌。相關疑義均有詳加深入查究之必要，監委尹祚芊、劉德勳已申請自動調查。