近年來，臺灣每逢秋冬之際，常發生禽流感疫情，不但威脅國人身體健康，亦造成大量雞鴨鵝等禽類死亡，影響民眾生命財產安全甚鉅；中央及地方政府機關是否善盡職責，並本於職權積極作為，防杜禽流感疫情，監察院極為關切。
監察院前於104年1月間，國內爆發高病原性禽流感疫情時，即調查中央及各縣市政府對於該疫情之警覺、預防、監測、報告、病毒檢疫與確認、疫情防治（處置）與撲殺，以及禽場之補償與重建等措施，有無善盡職責。監察院調查後，已提案糾正行政院農業委員會(下稱農委會)，認其未本於職責，且輕忽禽流感病毒，復未妥為因應及督促地方政府執行防護措施；又臺南市等部分地方政府執行禽場訪視，徒具形式，未能落實防疫機制，而屏東縣等地方政府防疫人員警覺不足，未對異常禽場妥適處理，造成禽農嚴重損失，均有違失，並請行政院督促所屬檢討改進。該案仍持續列管中，監察院對於行政院回復有關農委會於105年度應辦理之預警禽流感傳染、通報機制等作為之情形，亦正在審核中。
監察院歷年來對於禽流感疫情相關調查案件，概述如次：(詳如附件一覽表)
一、 98年調查防疫物資儲備之管理運用及採購作業疏失乙案，調查結果提案糾正原行政院衛生署疾病管制局對於庫存防疫物資，未能落實全國性物資調度運用機制，又對於H5N1疫苗採購決策欠周延，以及95年間辦理H5N1疫苗採購案未符規定，均有缺失，並促其檢討改進。
二、 101年臺灣首度爆發H5N2高病原性禽流感疫情，對於主管機關有無怠忽職守等情，經監察院調查後，提案糾正農委會對於高病原性禽流感之防疫作為，輕忽怠慢，貽誤防疫先機，且隱匿疫情，因而延宕後續防疫作為；而原臺南縣家畜疾病防治所就禽流感蛋雞場飼主拒絕採檢，未依法裁罰，均有疏失。調查結果提案彈劾農委會副主任委員王政騰、技監許天來等人，另促請該會及臺南市政府檢討改善，並議處相關失職人員。
三、 102年調查我國家禽屠宰衛生、家禽屠宰場之設置及管理是否完善等情，調查結果，提案糾正行政院未落實既定家禽屠宰管理之政策目標，以致主管機關之檢查制度一再反覆，斲喪政府公信力，衍生防疫檢疫隱憂，洵有怠失。該案經監察院糾正後，國內土雞屠宰衛生檢查比率，由原本20.37%，大幅提升至70%左右，另全國家禽屠宰場數及衛生檢查人員亦明顯增加。
四、 102年農委會為防堵H7N9禽流感疫情，並因應國內發生首宗境外移入確診病例，提前推出傳統市場禁宰活禽政策，相關配套措施不足，案經監察院調查後，促請農委會確實檢討改善，採取措施，並輔導相關業者完備其衛生安全設備，維護國人消費及健康權益。
五、 農委會家畜衛生試驗所涉嫌於94年至96年期間，隱匿雞隻感染H5N2高病原性禽流感病毒株，經監察院調查後，提案糾正該所實驗室操作之內控機制與檔卷管理有欠周延，肇致誤判非高病原性禽流感檢體為偽陽性，卻未及時更正；而農委會動植物防疫檢疫局所頒疫情通報流程規範不明確，以及未審慎處理防疫通報文書等作業，均有疏失，已促請有關機關積極檢討改善。