國立臺灣史前文化博物館事前規劃作業欠周，增加工程經費2,558萬餘元，且該館延宕3年才正式營運，教育部處置消極怠惰。又教育部及史前館事後未依規定辦理活化閒置設施作業，導致該館學術活動中心閒置8年，虛耗國家資源，監察院教育及文化、交通及採購委員會依據監察法第24條，於本(98)年9月10日通過並公布監委高鳳仙所提糾正教育部、史前館案。
教育部為發掘、保存及研究卑南東部史前文化遺址，於民國82年提具「國立臺灣史前文化博物館整體計畫」，行政院經建會同意先進行第一期計畫，包括博物館（含學術活動中心）及卑南文化公園。第一期建築及景觀工程於89年完工，後因火災延至91年正式開館營運，但史前館學術活動中心並未營運使用。監察院調查發現，史前館學術活動中心先前整體規劃顯欠周延，導致委外經營延宕，又未積極辦理活化閒置設施事項，閒置8年尚未啟用，核有違失。
糾正案文指出，史前館以學術活動中心非核心附屬設施，事先疏於規劃室內配置需求，也未依經建會審議結論，以小型會議室及少量單人宿舍辦理規劃；教育部又未確實督導，導致實際興建結果，除與經建會審議結論不符外，又增加工程費用2,558萬餘元，並閒置8年尚未啟用，均有違失。
糾正案文表示，史前館學術活動中心完工後，邀請學者專家蒞館交流演講及舉辦研討會，未依計畫目的於該中心住宿，另安排至其他旅館外宿，徒增費用159萬餘元；又為維護該中心設施、設備堪用狀態，迄今已支出170萬餘元，浪費公帑，核有違失。
糾正案文提及，本案事前規劃作業欠周，導致委外招商5次未果；事後延宕3年仍僅辦理委外招商規劃作業，教育部遲至98年1月才召開會議尋求解決之道，處置消極怠惰，導致史前館學術活動中心閒置長達8年無法營運，虛耗國家資源，且悖離原興建目的，均有違失。
此外，史前館暫行組織規程明訂營運管理、推廣教育、行銷等為組織執掌事項，但該館對於經營管理業務之主辦單位尚未釐清，又未依規定將組織掌理事項由正式公務人力辦理，而以派遣人力擔任負有行政責任之業務，易衍生行政責任紛擾情事，確有不當。
而史前館及教育部未依行政院活化閒置公共設施推動方案辦理本案，導致工程會無法即時列管追蹤協助學術活動中心推動活化設施，均有違失。