監察院財政及經濟委員會98年10月21日（星期三）上午9時30分，由該會召集人楊委員美鈴、及葉委員耀鵬、陳委員永祥、周委員陽山、劉委員玉山、杜委員善良、洪委員昭男、吳委員豐山、高委員鳳仙、錢林委員慧君、劉委員興善、趙委員昌平及余委員騰芳等13位委員，巡察經濟部聽取施部長顏祥簡報並就相關問題詢問。
巡察委員在聽取簡報後，共提出攸關國民生計的問題計39項，其中對於經濟部推動兩岸簽訂ECFA，是否已作好準備工作特別關心，尤其部分產業及人民的疑慮以及早期收穫清單等問題，希望經濟部提出適當對策加強宣導溝通，以建立國人共識。此外，我國雖然正在談判ECFA，但也應同步進行與其他國家協商FTA等工作，俾有助於我國在世界經貿地位之維護；有關經濟部最近有意將智慧財產局改制為行政法人，由於專利權具有法律保障之專有及排他性，發生糾紛時，該機關必須具備公權力以進行裁決，如改制為行政法人是否妥適，應審慎考量；另為因應未來台灣雨量變更激烈之變化，對河川之管理及清淤，委員們亦認為要有新思維與作為，包括：河川要採流域管理，對於清淤、防洪及河堤之興建，要備具全局意識加強整合，以應付新氣候的挑戰；河川治理必須進行區域整合，中央與地方需相互配合，並考慮成立河川流域治理專責單位以統一事權；又因為現行預算改採曆年制，許多治水、防洪工程有到颱風季節才完成相關手續，開始動工施作，飽受民眾譏嘲，就此經濟部應特別研究特別之處理程序，以避開颱風季節施工；88水災帶來約15億立方公尺之土石，經濟部清理上宜再加速…等；此外，委員亦關切能源議題，認為現行能源管理層級太低，無法統籌規畫管理我國能源政策，經濟部宜加以重視，即早研議；對於目前瑞典將核廢料存放在4000公尺地下新科技，獲得極高之評價，亦期許經濟部對核廢料之處理要多方收集資料，以為借鏡。其他部分，尚有；現有高耗能之產業，對經濟成長貢獻有限，但卻排出大量CO2，對環境造成極大的損害；經濟部應對高耗能產業之補助政策亦應評估利弊檢討其公平性，又就所屬財團法人之管理，應注意避免造成肥貓、圖利他人弊端出現，又如華揚史威靈公司虧損鉅額公帑，現在連負責的人都找不到了，經濟部均應引以為鑑；上揭議題經由經濟部施部長詳細答覆後，委員們期許經濟部能針對水資源、能源等國家重要發展資源妥善規劃，並迅速完成災後重建，努力推動簽訂貿易相關協定，增進我國經濟發展及提升人民生活品質。