行政院農業委員會抽驗畜禽水產品比率過低，又未登記列管魚塭面積高達46.4%，凸顯其抗生素源頭管理鬆散及管制作業之疏漏；該會與行政院衛生署就數十種動物用抗生素僅抽驗其部分品項，卻簡略呈現為檢驗合格，易誤導民眾認為食用安全無虞，衛生署輕忽小型地區醫師感控醫師不足、「藥局販售抗生素處方用藥」之稽查作業成效欠佳問題，形成抗生素管控之重大缺口等，均有疏失，由監察院林委員鉅鋃、程委員仁宏提案予以糾正。
糾正案文指出：據農委會97年統計資料，我國畜禽飼養戶25,379戶，年供應屠宰豬隻872萬多頭，以最大宗的豬隻為例，97年抽驗檢測比率為0.315%，其餘牛、羊、雞、鴨、鵝、火雞等採樣比率則更遠低於此。另未登記列管魚塭面積高達46.4%，凸顯其源頭管理異常鬆散，以區區少數樣本之檢驗，實無法有效管控動物用抗生素之濫用，其管制作業隙漏之處頗多，顯有疏失。另農委會訂頒之水產動物用藥品使用規範，尚含有人用抗生素，該會未能研議避免使用人用抗生素，並隨著養殖產業發展適時新增規範對象，相關作業顯欠周延，確有未當。
糾正案文復表示：農委會公告禁用之動物用藥，如氯徽素，藥檢局仍一再檢出，顯見農戶使用抗生素之相關管控措施有欠綿密，績效不彰。農委會罔顧監察院89年間糾正其「迄未統計國產動物用抗生素總量數據」，徒以海關進口統計數量權充，明顯低估其實際用量，遑論掌握其確切流向顯有疏失，另衛生署及農委會就數十種動物用抗生素，僅抽驗其部分品項，偽陰性極高，卻簡略呈現為檢驗合格，易滋誤導民眾認為食用安全無虞，亦有欠當。
糾正案文並指出：目前全國尚有高達四分之一的小型地區醫院仍未聘有感染症專科醫師專責其事，顯見衛生署輕忽小型地區醫院感控醫師不足，管制工作無法落實問題，形成人用抗生素管控之重大缺口，亟待確實督促轄區衛生局追蹤輔導匡正。又該署近5年來就「藥局販售抗生素處方用藥」之稽查作業，查獲違規比率僅占0.07%，甚且屏東縣政府衛生局等16縣市衛生局均未查獲違規之案件，凸顯其查察成效欠佳，該署未能確實督促轄區衛生局落實執法，致一般民眾輕易可自行到藥局購得抗生素，顯有違失。