針對八八水災案，屏東縣政府平時未落實災害防救訓練，又未積極維護並充實救災器材與設備，且未主動儘速挹注所轄鄉、鎮公所救災經費；對於縣管河川治理成效不彰，又長期放任非法養殖漁業，監察院內政及少數民族委員會依據監察法第24條，於本(99)年1月6日通過並公布監委葉耀鵬所提糾正屏東縣政府案。
糾正案文指出，為減少災害發生或防止災害擴大，災害防救法要求各級政府平時應依權責實施災害防救教育、訓練及觀念宣導等減災事項，屏東縣地區災害防救計畫也揭示各相關單位應充實防災設施與設備。但屏東縣政府平時疏於災害防救教育及訓練，也未積極充實救災器材設施及設備，以增加災害應變資源，相關器材又疏於保養，緊急使用中竟發生故障，洵有怠失，應積極檢討改進。
糾正案文表示，屏東縣政府災害應變中心應迅速傳遞訊息並發揮指揮救災功能，但縣政府雖已儘早開設災害應變中心，面對中央氣象局於災前不斷大幅提高預計降雨量，並無任何具體因應措施，進駐人員警覺性過低、事不關己。屏東縣政府災害應變中心未完整發揮承上輔下功能，與上級中央及下級所屬的救災協調機制，均有待改進、補強。縣府各單位進駐人員權責不清、層級過低，未妥善規劃與調度救災人力、物資及機具，導致救災效率不彰，應予檢討。
糾正案文提及，此次風災造成屏東縣各地淹水，前所未有的降雨量為其原因之ㄧ，但屏東縣政府對於縣管河川治理成效明顯不彰，林邊溪的河床已高出林邊鄉，而遲未能有效處理；此次高樹鄉、萬巒鄉、內埔鄉、萬丹鄉、鹽埔鄉等地均傳出堤防潰堤或溢堤，非但河川下游地區淹水，連上游地區也受水患之苦，屏東縣政府實應深切檢討。
此外，屏東縣政府為因應救災需要，二次向行政院請求墊借款項，主計處均迅速回應。縣政府於98年8月24日第一次撥出9,704萬餘元後，至10月7日止共10次撥款予各鄉、鎮公所，金額達2億2,380萬餘元。林邊鄉長陳朱雲接受監察院約詢時表示，林邊鄉向屏東縣政府請求補助款未獲具體回應乙節，為媒體斷章取義，但屏東縣政府於報導厚，於8月24日緊急辦理墊借或補助各鄉鎮公所救災相關經費，未主動及儘早挹注，實有欠當。
而屏東縣政府長期放任非法養殖漁業，卻未加以適時輔導或依法取締，實難辭其責。養殖戶長期大量抽取地下水造成地層下陷後逢雨成災的惡果，由當地全體住戶共同承擔，顯非公允。依屏東縣政府提供的資料，目前仍有7成以上養殖戶及養殖面積均屬非法，縣政府於接受監察院約詢時亦坦承一直未取締，反冀望台電公司發動查核作為，態度明顯消極，核有未當。