交通部督導民用航空局執行臺南、嘉義機場擴建工程，未能考量國內航空旅次人數衰退，及高鐵通車競爭優勢，場站完工後使用效能不彰，徒增人事任用及成本支出，監察院交通及採購委員會100年4月12日通過並公布監委程仁宏、楊美鈴提案，糾正交通部。
糾正案文指出本案2項缺失如下：
一、 交通部未考量航空旅次人數衰退，及高速鐵路完工後競爭消長之影響，斥資6.7億元，擴建台南機場，致台南機場場站完工後，設施效能使用不彰，浪費公帑。
二、 交通部督導民航局檢討台南、嘉義航空站組織等級標準，未能依實際營運情形，調整航空站組織編制，低運量之臺南、嘉義航空站，卻採行高運量之航空站組織編制，徒增人事任用及成本支出。