清大與竹教大合併案風波不斷,清大教授針對該校史無前例的重大議案,向監委陳情指出:「與竹教大合併」之合校計畫書內容,尚未經過校務會議代表充分討論,違法以斷章取義方式,引用錯誤條文,誤導與會人士及會議後續進行,且投票、發票過程混亂,無法確保是否一人只投一票,甚至最後清點人數與所投出之票數根本不合。
截至目前為止,兩校合併引發之問題及爭議不斷,惟教育部卻已公開表示:清大與竹教大合併是「由下而上」、「你情我願」自行提出,教育部採「尊重、支持」,不會阻擋。然而陳情教授們認為,兩校合併程序之合法性尚未釐清之前,教育部發表此等言論實有誤導輿論之嫌。相關疑義均有詳加深入查究之必要,監委尹祚芊、劉德勳已申請自動調查。