秘書處設五科；其職掌如下：
一、本院院會、各委員會召集人會議、全院委員談話會及其他重要會議議程之編擬、紀錄整理、決議案之處理及有關工作表報之編製事項。
二、印信典守、文書之收文、分文、繕校及發文作業之管理事項。
三、檔案點收、立案、編目、保管、查詢、檢調、稽催、清理、安全維護、其他檔案管理作業及相關設施事項。
四、工程、財物、勞務採購事項。
五、辦公廳舍、土地產籍及財物、車輛之管理事項。
六、出納管理、薪俸表冊之編製及員工所得稅扣繳事項。
七、員工醫療服務事項。
八、房舍營繕、房舍管理及消防事項。
九、技工、工友管理及約聘（僱）人員保險事項。
十、其他本院庶務事項。