憲法第96條規定，監察院得按行政院及其各部會之工作，分設若干委員會，調查一切設施，注意其是否違法或失職。依監察院各委員會組織法第2條規定，監察院現分設下列7個委員會：
- 內政及族群委員會。
- 外交及國防委員會。
- 社會福利及衛生環境委員會。
- 財政及經濟委員會。
- 教育及文化委員會。
- 交通及採購委員會。
- 司法及獄政委員會。
各委員會委員，由監察委員分任之；每位委員以任3委員會委員為限，並得列席其他委員會之會議。每個委員會委員人數不得超過14人。各委員會設召集人1人，由各該委員會委員互選之，處理各該委員會日常會務。各委員會會議，由召集人召集，並擔任主席，如有委員3人以上之提議，亦得召開臨時會議，如涉及2個以上委員會有關之案件，經各有關委員會召集人之同意，並得召開聯席會議處理之。
各委員會各置主任秘書1人、專門委員1人、專員1人、科員1人或2人、辦事員1人。
各委員會職員，得視事務之繁簡，由院長調用之。
另依監察院各委員會組織法第2條第3項規定，設下列4個特種委員會：
- 法規研究委員會
- 諮詢委員會
- 監察委員紀律委員會
- 廉政委員會
除諮詢委員會外，法規研究委員會、監察委員紀律委員會及廉政委員會，均由監察委員分任之，分別研究監察法規、審議處理有關監察委員紀律、受理公職人員財產申報、公職人員利益衝突迴避、政治獻金及遊說等業務。
各特種委員會置執行秘書1人，其所需辦事人員，均由監察院職員派兼之。
又依訴願法第52條第1項規定，監察院設訴願審議委員會，另依監察院訴願審議委員會組織規程第2條規定，該會置委員9人至13人，除副院長為當然委員，並擔任主任委員外，其中由院長就社會公正人士、學者、或專家中聘兼之，人數不得少於2分之1，餘由院長就未擔任本院廉政委員會委員之監察委員中聘兼之，以處理不服本院或審計部處分之訴願事件。訴願審議委員會置執行秘書1人，其所需辦事人員，由院長就監察院職員調派或派兼之。
監察院除設有常設委員會及特種委員會外，另有屬於任務編組性質之組織。監察院目前有4個小組，
一、為預算規劃與執行小組，就監察院年度概算之規劃與編製提供意見，
二、為國際事務小組，負責加強與世界各國監察機構及國際監察組織交流合作等事宜。
三、為性別平等小組，負責推動及監督本院性別平等之內部事務。
四、為人權保障工作小組，負責參與各項國際人權公約主管機關撰寫及準備國家報告等工作。